El CDTI a través de sus convocatorias de carácter ecosistémico (Ecosistemas de Innovación) fomenta la creación de redes y la interconexión de los agentes del Sistema Español de Ciencia, Tecnología e Innovación, para incrementar la colaboración en el sistema, la prestación de servicios de valor añadido, identificación de necesidades y capacidades tecnológicas, así como la interconexión entre ambas.

Esta nueva aproximación del CDTI al fomento de la I+D+I empresarial, a la cooperación y a la transferencia de conocimiento es un reflejo del Plan Estratégico 2024-2027, aunque en 2023, el CDTI lanzara una iniciativa piloto en el ámbito ecosistémico, con la convocatoria 2023 para Ecosistemas de Innovación vinculados a Redes de Excelencia Cervera, financiada con el Plan de Recuperación, Transformación y Resiliencia.