El CDTI a través de les seves convocatòries de caràcter ecosistémico (Ecosistemes d'Innovació) fomenta la creació de xarxes i la interconnexió dels agents del Sistema Español de Ciència, Tecnologia i Innovació, per incrementar la col·laboració en el sistema, la prestació de serveis de valor afegit, identificació de necessitats i capacitats tecnològiques, així com la interconnexió entre ambdues.

Aquesta nova aproximació del CDTI al foment de la R+D+I empresarial, a la cooperació i a la transferència de coneixement és un reflex del Pla Estratègic 2024-2027, encara que en 2023, el CDTI llancés una iniciativa pilot en l'àmbit ecosistémico, amb la convocatòria 2023 per a Ecosistemes d'Innovació vinculats a Xarxes d'Excel·lència Cervera, finançada amb el Pla de Recuperació, Transformació i Resiliència.