El CDTI, adsccrito a la Secretaría de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación.
El Real Decreto 865/2018, de 13 de julio, ha establecido la estructura orgánica del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades.
El Real Decreto dispone que "se adscribe al Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, a través de la Secretaría de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación, la Entidad Pública Empresarial Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), cuya presidencia ostentará la persona titular de la Secretaría de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación".